La cafeticultura orgánica a diferencia de la tradicional, no utiliza fertilizantes, herbicidas ni pesticidas, lo cual ha permitido que los suelos vayan mejorando en donde se practica este modo de producción.
El interés de cultivar café orgánico surgió de manera especial en países europeos, luego llegó a EEUU y a México; siendo la primera finca orgánica certificada por la Federación Internacional de Movimientos de Agricultura Orgánica, la Finca Irlanda (propiedad de la familia Peters Grether), posteriormente Finca San Miguel (de José A. Dardón) y Rancho Alegre (de Adolfo Gramilch Bado), estas últimas ubicadas en Chiapas.
El café orgánico mexicano se cultiva bajo sombra, evitando asi la deforestación, el suelo se protege del efecto de las lluvias, hay reducción en las variaciones de temperatura, se conserva la humedad, el desarrollo de malezas es menor y se contribuye al mantenimiento de la fertilidad del suelo. Otra ventaja de producir café orgánico es el sobreprecio que recibe el producto, tanto en el mercado internacional como en el nacional por la tendencia del consumidor a pagar de mas por un café libre de químicos.
En cuanto a costos de producción, oscilan entre 80 y 110 dólares por hectárea (ha); los rendimientos son de 12 y 25 quintales/ha. 
Se calcula que en México la producción de café orgánico alcanza 300 mil sacos, siendo México el primer lugar en producción de café orgánico a nivel mundial, localizandose la mayoría de cafetales en la zona de Soconusco, Chiapas.
En el Estado de México, hacia el suroeste, podemos encontrar fincas cafetaleras, que utilizan este modo de producción, en los Municipios de Temascaltepec, San Simon de Guerrero, Tejupilco y Amatepec.
CUATRO PASOS PARA OBTENER MEJOR CALIDAD DE CAFÉ (UACh):
  1. PRODUCIR PREFERENTEMENTE CAFÉ ORGÁNICO EN ZONAS ALTAS
  2. CULTIVAR VARIEDADES DE GRANO MAS GRANDE Y COLOR VERDE AZULADO
  3. HACER BIEN Y A TIEMPO TODAS LAS LABORES DE CULTIVO
  4. PONER CUIDADO EN LA COSECHA HACIENDO TANTOS CORTES SEAN NECESARIOS PARA CORTAR SOLO FRUTOS MADUROS; LLEVAR RECIPIENTES PARA SEPARAR FRUTOS BUENOS DE VERDES, MANCHADOS Y/O SECOS; FRUTOS LEVANTADOS DEL SUELO NO MEZCLARLOS; NO CORTAR MAS FRUTO DEL QUE SE PUEDA DESPULPAR EL MISMO DIA.